氮氣發生器中的氮氧分離系統是制氮設備的主要組件，由兩個交替工作的吸附塔和氣動閥、節流閥、消音器等組成，根據碳分子篩對空氣中主要成分氧氣和氮氣的吸附速率不同，在加壓吸附和降壓脫附過程中實現氮氧分離，而加壓吸附與降壓脫附過程，由可編程控制器按一定程序控制電磁閥，并且由電磁閥控制相應的氣動閥自動運行。
當氮氣的純度不達標時，可以先考慮以下幾個問題。
1.分子篩的性能，分子篩是氮氣發生器的核心部件，它的性能好壞對于制得的氮氣純度有著很大的聯系，同時還需要根據實際需要的氮氣流量和純度來計算出分子篩的合適裝填量。如果操作不當，可能會造成碳分子篩粉化，篩粉化是由于碳分子篩壓不嚴實、碳分子篩松動造成的。儀器在生產組裝過程中由于粗心大意，碳分子篩沒有被壓緊，碳分子沖刷成粉從氮氣出口或者消音器出口排出，有的壓緊裝置為氣缸壓緊，氣缸下限報警未能及時添加碳分子篩造成碳分子粉化。儀器使用過程中受震動或者設備移動等原因導致吸附塔結構性故障如吸附塔管道脫焊，碳分子外流，碳分子篩松動而粉化。
2.氣體原料的質量，氣體是要經壓縮后進入空氣緩沖罐，那么壓縮空氣中如含有水汽、油霧，這些都會堵塞分子篩的微孔，從而嚴重影響分離效果及CMS的使用壽命，因此，要想獲得高純度的氮氣，保證高質量的空氣至關重要，并且要經多次凈化過濾，濾芯需要定期檢查或者更換。
3.吸附塔的工作時間，長時間的工作周期也即是閥門的切換時間間隔，有利于降低儀器能耗，且節約空氣原料，不過純度也會因周期過長，分子篩會飽和而受到影響。
注意事項
使用時應注意流量指示是否與色譜儀用氣量一致，如流量指示超出色譜儀實際用量較大時，應停機檢漏，其方法參照儀器的故障原因與排除方法進行調整，再用自檢方法檢查合格后方可使用。
定期檢查過濾器中的硅膠是否變色，如變色請馬上更換或再生。其方法為，擰下過濾器，再擰開過濾器上蓋，更換硅膠后擰緊過濾器上蓋，將過濾器裝到底座上擰緊。并檢查是否漏氣。
使用一段時間后，電解液會逐漸減少，當電解液位接近下*應及時補水，此時只需加入二次蒸餾水即可，加液或加水時液位不要超過上限，也不能低于下限。
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